alates1940-1988

1940. aastal okupeeriti Eesti kõigepealt aastaks Nõukogude Liidu poolt.

1941 -1944 okupeeriti Eesti Saksamaa poolt, 1944 okupeeriti Eesti uuesti NSV Liidu koossisu.

1944. aasta sügisel, kui lahingud olid läbi, tuli Arnold Moosaarel palju vaeva näha selleks, et lapsed saaksid taas koolipinki istuda. Õppetöö algas 16. oktoobril 1944. aastal. Esimesel sõjajärgsel aastal koosnes pedagoogiline kollektiiv Moosaare perest: isa, ema ja poeg Heino.

1957-1963. aastal kehtestati kaheksaklassiline koolikohustus. Põllumajanduse kollektiviseerimise perioodil vähenes maaelanike arv ja ka lapsi jäi vähemaks.

Kuni 1963. a kevadeni töötas kool kahekomplektilisena nelja klassiga, vahepeal oli paar aastat ka vene õppekeelega kolmas komplekt.

1960. aastate keskpaiku hakkas õpilaste arv koolis kasvama, 1966/67 õppeaasta alguses oli lapsi sada ning koolis jälle neli klassikomplekti.

Samal ajal algas õpilaste ühistoitlustamine Pajusti sööklas, kõik õpilased said sooja toitu, toetus selleks tuli majanditelt.

1970. aastatel algas üleminek kohustuslikule keskharidusele, samal ajal tehti väikeste maakoolide sulgemise kampaaniat. Pajusti kool jäi alles, muutudes 1974/75 kolmeklassiliseks.

1986. aastal tulid kooli ka kuueaastased.

Juba 1960ndatel asuti plaanima uue koolihoone ehitust, plaanid said teoks alles 80ndatel. 1. septembril 1988 alustas tööd Vinni-Pajusti Gümnaasium uues majas Vinni alevikus.