1940. aastal okupeeriti Eesti kõigepealt aastaks Nõukogude Liidu poolt.
1941 -1944 okupeeriti Eesti Saksamaa poolt, 1944 okupeeriti Eesti uuesti NSV Liidu koossisu.
1944. aasta sügisel, kui lahingud olid läbi, tuli Arnold Moosaarel palju vaeva näha selleks, et lapsed saaksid taas koolipinki istuda. Õppetöö algas 16. oktoobril 1944. aastal. Esimesel sõjajärgsel aastal koosnes pedagoogiline kollektiiv Moosaare perest: isa, ema ja poeg Heino.
1957-1963. aastal kehtestati kaheksaklassiline koolikohustus. Põllumajanduse kollektiviseerimise perioodil vähenes maaelanike arv ja ka lapsi jäi vähemaks.
Kuni 1963. a kevadeni töötas kool kahekomplektilisena nelja klassiga, vahepeal oli paar aastat ka vene õppekeelega kolmas komplekt.
1960. aastate keskpaiku hakkas õpilaste arv koolis kasvama, 1966/67 õppeaasta alguses oli lapsi sada ning koolis jälle neli klassikomplekti.
Samal ajal algas õpilaste ühistoitlustamine Pajusti sööklas, kõik õpilased said sooja toitu, toetus selleks tuli majanditelt.
1970. aastatel algas üleminek kohustuslikule keskharidusele, samal ajal tehti väikeste maakoolide sulgemise kampaaniat. Pajusti kool jäi alles, muutudes 1974/75 kolmeklassiliseks.
1986. aastal tulid kooli ka kuueaastased.
Juba 1960ndatel asuti plaanima uue koolihoone ehitust, plaanid said teoks alles 80ndatel. 1. septembril 1988 alustas tööd Vinni-Pajusti Gümnaasium uues majas Vinni alevikus.
Koolijuhid sõjajärgsel ajal
Arnold Moosaar 1944 - 1951 (alustas tööd 1932)
Amanda Tamm 1951 - 1956
Anni Tamm 1956 - 1962
Helga Torn 1962 - 1964
Aleksandra Kivioja 1964 - 1968
Viivi Lind 1968 - 1970
Mai Mandel 1970 - 1977
Mare Kipper 1977 - 1981
Elle Brinkmann 1981 - 1988
Õpetajatena sõjajärgsel perioodil on Vinni-Pajusti algkoolis töötanud: Laine Pärk (Paju), Liia Eero, Valve Pender (Porgand) , Mare Saks, Mall Kereme (Kivimäe), Hilda Eljas, Lehte Tärn, Helju Veermäe, Maie Kongi, Viivi Inno, Laine Pikanõmme, Tatjana Kereme, Eeva Purik (Pihlak), Tiiu Onga, Rein Kalda, Eve Lausma, Riina Ilves (Pihlamäe), Inna Leppikus.